细菌性与病毒性呼吸道感染临床症状极为相似，但药物治疗却不同。因此，其正确的鉴别对保证合理选择用药治疗极为重要。其鉴别的最确切依据是病原学诊断，但病毒性疾病的病原学诊断一般需时间较长，对早期诊断意义不大，但病毒性疾病的病原学资料的综合分析，详尽而确切地询问病史，全面仔细的体检，密切观察病情，针对病情进行必要的实验室检查等是作出正确鉴别的重要手段。病程中出现的某些症状和体征等也将正确鉴别提供线索。

（1）流行性病毒性呼吸道感染具有明显的季节性和群体发病的特点，而细菌性呼吸道感染，则以散发性多见，病前有无链球菌感染或病毒性感冒的接触史，对诊断具有重要参考价值。

（2）病毒性上呼吸道感染一般鼻腔（流涕）症状鼻咽部症状明显，而细菌性上呼吸道感染则扁桃体或咽部红肿及疼痛明显。若伴有腹泻或眼结膜充血则更倾向是病毒感染。

（3）单纯病毒性呼吸道感染多无脓性分泌物，而浓痰是细菌性感染的重要证据。

（4）病毒性感染起病急骤，全身中毒症状可轻可重，而细菌感染，起病可急可缓，全身中毒症状相对较重。如果开始发热不高，2~3天后，病情继而加重，则多为细菌感染。

（5）白细胞计数，细菌感染者一般都增高，而病毒感染者白细胞计数多正常或降低。

（6）啊“阿司匹林试验”对有发热症状的上呼吸道感染者可给与阿司匹林治疗，病毒性感染能取得暂时而明显的退热效果，全身症状亦有改善；但细菌性感染者服用同样剂量的阿司匹林退热效果较差，全身症状亦无明显改善。