医疗机构抗菌药物临床应用管理需要医务、药学、感染性疾病、临床微生物、护理和医院感染管理等部门的多学科合作。抗菌药物合理应用的专业化管理离不开感染病学科建设，在国外的综合医院，感染科医师在抗菌药物使用中发挥着重要的作用，是抗菌药合理使用管理的业务科室，承担全院各个科室抗菌药物使用的会诊工作。临床微生物室的专业技术人员开展微生物涂片、分离培养、鉴定和药敏试验等工作，及时准确地出具报告、检验质量符合质控要求；参与医院抗菌药物临床应用管理，为临床抗菌药物合理应用提供咨询、培训等技术支持；定期根据细菌耐药情况，统计细菌耐药信息，发布耐药预警。抗感染药物治疗的专职专科临床药师参与所在病区抗菌药物治疗方案，用药医嘱审核与不合理用药干预，对患者用药教育等临床应用相关专业技术支持，并参与医院抗菌药物的相关管理工作，如抗菌药物品种与品规遴选，临床应用评估和会诊等。
抗菌药物临床应用整治是长期的过程，尽管目前抗菌药物管理主要是行政干预，但将来逐步走向专业化，由专业科室和专业技术人员承担这方面的工作，使抗菌药物临床应用管理具有可持续性。
