首先要建立和实施抗菌药物专项点评的程序。确定责任人，组成多学科的专家小组，对于医院抗菌药物专项点评过程进行监督和指导。要有实施计划，在一个年度中，列出哪些抗菌药物或者临床应用状况需要进行专项点评。
第二步骤是确定专项点评的目标以及范围。范围可以很广泛，也可以侧重于某一个具体的问题。如：调查汇总数据分析所显示的用于清洁手术预防用量大或（和）治疗用量大、价格昂贵的抗菌药品；抗菌药物敏感性报告所提示的抗菌药物选择的错误；患者记录表，严重 ADR报告所提示的某种特定抗菌药品的不合理使用（适应证、给药途径、剂量、使用方法）等。
第三步骤是建立评价标准。包括正确使用抗菌药物的各个方面（如是否做到有样必采，更改或继续使用是否有很好的临床分析，是否考虑患者的生理、病理因素，是否进行炎症指标的动态观察，是否考虑PK/PD参数要求等），应当在医疗机构的抗菌药物治疗指南或现有国家或地方的指南、其他相关文献、或公认的国际及地方专家的建议基础上建立的规范或标准。其可信度以及被接受的程度取决于标准是否来源于可信的循证医学资料及已经经过处方者的讨论、并取得共识。
第四步为收集数据。数据采集可以是回顾的方式，通过患者的病历或其他记录收集数据，或采用前瞻的方式，在药品准备或调配过程中进行。回顾性的数据收集方式更加迅捷，并且最好远离患者服务区域和各种干扰。而前瞻性的方式好处在于评估者可以在药品配置的过程中随时干预，以避免药品剂量错误、适应证、相互作用或其他错误，例如在某些药房所使用的计算机系统，电脑系统可以随时警告并提出改正的要求。这种系统同样可以为回顾性调查研究提供数据库。数据必须来自于医疗机构的患者记录表及处方记录的随机样本。通常由药学专业技术人员来选择，也可以由护士或者病历记录者选择。每个医疗机构至少需要收集30或50个临床常见病例的数据。
步骤五是数据分析。收集到的数据按照评价标准制成表格，计算和总结符合每条标准要求的百分率。并向药事管理与药物治疗学委员会汇总报告。
步骤六是向医师反馈结果和制定持续改进措施。医院药事管理与药物治疗学委员会接到报告后应该对结果进行合理性、准确性评估；通过信件、专题学术讨论或讲座、时事通讯、面对面讨论等各种方式将评估结果反馈给处方者或调剂者或给患者用药者（护士）；实施纠正抗菌药物使用问题的干预措施，如在职教育、建立制定处方限制条件，修改处方目录和（或）处方手册，修改临床治疗指南等。
步骤七是后续追踪。在抗菌药物临床应用专项点评过程中，后续措施是保证不合理使用问题得以适当解决的关键。如果没有对干预措施进行评价或者抗菌药物使用问题没有得到解决，专项点评就毫无意义。因此，抗菌药物专项点评工作需要定期进行（至少1年1次），对使用没有显著影响的专项点评，需要重新设计，以达到改善临床抗菌药物不合理使用。如果后续追踪做得好、做得持久，处方者、调剂者、给患者用药者在知道自己今后还会面临评价时，可能会在各方面改进其行为是否符合基本原则。
